SN UMLS — различия между версиями

Версия 14:03, 5 мая 2017

Семантическая сеть состоит из:

1. Семантических типов (Semantic Types) - набора понятий, которые определяют широкие тематические категории, обеспечивающие последовательную категоризацию всех понятий, представленных в Metathesaurus UMLS.
2. Семантических отношений (Semantic Relations) - набор полезных и важных отношений, которые cуществуют между семантическими типами.

Семантическая сеть UMLS уменьшает сложность Metathesaurus, группируя понятия в соответствии с семантическими типами, которые были им назначены. Для разработки группировок использовались следующие принципы: семантическая значимость, экономичность, полнота, исключительность, естественность и полезность. Семантическая сеть распространяется как один из источников знаний UMLS, являясь источником с открытым исходным кодом.

Цель Семантической сети - обеспечить последовательную категоризацию всех понятий, представленных в Metathesaurus UMLS, и предоставить ряд полезных связей между этими понятиями. Вся информация о конкретных понятиях представлена в Metathesaurus UMLS. Сеть предоставляет информацию о наборе базовых семантических типов или категорий, которые могут быть привязаны к этим понятиям, и определяет набор отношений, которые могут находиться между семантическими типами. Семантическая сеть содержит 133 семантических типа и 54 отношения для обозначения биомедицинского домена. Семантические типы являются узлами в Семантической сети, а отношения между ними являются связями. Существуют основные группировки семантических типов для организмов, анатомических структур, биологических функций, химических веществ, событий, физических объектов, а также концепций или идей. Текущая область семантических типов UMLS достаточно абстрактна, что позволяет применять семантическую категоризацию широкого круга понятий во множестве доменов.

На рисунке 1 показана часть семантической сети для семантического типа «Биологическая функция», который имеет двух детей: «Физиологическая функция» и «Патологическая функция», и у каждого из них, в свою очередь, есть несколько детей и внуков. Каждый дочерний элемент в иерархии связан с его родителем семантическим отношением «isa». Связи между семантическими типами обеспечивают структуру сети и представляют важные отношения в биомедицинской области. Первичной (основной) связью между семантическими типами является отношение (ссылка) «isa». «isa» устанавливает иерархию типов в семантической сети и облегчает назначение наиболее специфического (конкретного) семантического типа, доступного для назначения понятиям Metathesaurus. Существует также пять основных категорий неиерархических отношений:

• физически связаны с;
• пространственно связаны с;
• временно связаны с;
• функционально связаны с;
• концептуально связаны с.

Каждая запись семантического типа включает в себя уникальный идентификатор, номер дерева, указывающий его положение в иерархии «isa», определение и его непосредственный родитель и потомки. Каждая запись семантических отношений включает в себя уникальный идентификатор, номер дерева, определение и набор семантических типов, которые могут быть связаны этим отношением.

Рисунок 2 иллюстрирует иерархию для семантических отношений. Взаимоотношение «влияет», одно из нескольких функциональных отношений, имеет шесть дочерних отношений, включая «управляет», «лечит» и «предотвращает» Отношения устанавливаются между семантическими типами высокого уровня в Семантической сети, когда это возможно, и, как правило, наследуются через ссылку «isa» всеми дочерними типами. Так, например, соотношение «процесс» («process of») установлено между семантическими типами «Биологическая функция» («Biologic Function») и «Организм» («Organism»). Таким образом, он также имеет место между «Функцией органа или ткани» («Organ or Tissue Function»), которая является «физиологической функцией» («Physiologic Function»), которая, в свою очередь, является «биологической функцией» («Biologic Function») и «животным» («Animal»), который является «организмом» («Organism»). Отношения устанавливаются между семантическими типами и необязательно применяются ко всем экземплярам понятий, которые были присвоены этим семантическим типам. То есть отношение может быть или не быть между какой-либо конкретной парой понятий.

На рисунке 3 показана часть семантической сети, иллюстрирующая связи, иерархические или ассоциативные, которые существуют между семантическими типами. На рисунке 4 и 5 приведён пример отображения семантической сети на сайте https://uts.nlm.nih.gov//semanticnetwork.html

Ссылки

• https://semanticnetwork.nlm.nih.gov
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9679/
• https://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/umlssemn.html