SN UMLS — различия между версиями

Версия 13:49, 5 мая 2017

Источник информации: • https://semanticnetwork.nlm.nih.gov • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9679/ • https://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/umlssemn.html

Семантическая сеть состоит из: (1) семантических типов (Semantic Types) - набора понятий, которые определяют широкие тематические категории, обеспечивающие последовательную категоризацию всех понятий, представленных в Metathesaurus UMLS. (2) семантических отношений (Semantic Relations) - набор полезных и важных отношений, которые cуществуют между семантическими типами. Семантическая сеть UMLS уменьшает сложность Metathesaurus, группируя понятия в соответствии с семантическими типами, которые были им назначены. Для разработки группировок использовались следующие принципы: семантическая значимость, экономичность, полнота, исключительность, естественность и полезность. Семантическая сеть распространяется как один из источников знаний UMLS, являясь источником с открытым исходным кодом.

Цель Семантической сети - обеспечить последовательную категоризацию всех понятий, представленных в Metathesaurus UMLS, и предоставить ряд полезных связей между этими понятиями. Вся информация о конкретных понятиях представлена в Metathesaurus UMLS. Сеть предоставляет информацию о наборе базовых семантических типов или категорий, которые могут быть привязаны к этим понятиям, и определяет набор отношений, которые могут находиться между семантическими типами. Семантическая сеть содержит 133 семантических типа и 54 отношения для обозначения биомедицинского домена. Семантические типы являются узлами в Семантической сети, а отношения между ними являются связями. Существуют основные группировки семантических типов для организмов, анатомических структур, биологических функций, химических веществ, событий, физических объектов, а также концепций или идей. Текущая область семантических типов UMLS достаточно абстрактна, что позволяет применять семантическую категоризацию широкого круга понятий во множестве доменов.

Рисунок 1. Пример иерархи для семантического типа «Биологическая функция»

На рисунке 1 показана часть семантической сети для семантического типа «Биологическая функция», который имеет двух детей: «Физиологическая функция» и «Патологическая функция», и у каждого из них, в свою очередь, есть несколько детей и внуков. Каждый дочерний элемент в иерархии связан с его родителем семантическим отношением «isa». Связи между семантическими типами обеспечивают структуру сети и представляют важные отношения в биомедицинской области. Первичной (основной) связью между семантическими типами является отношение (ссылка) «isa». «isa» устанавливает иерархию типов в семантической сети и облегчает назначение наиболее специфического (конкретного) семантического типа, доступного для назначения понятиям Metathesaurus. Существует также пять основных категорий неиерархических отношений: • Физически связаны с • Пространственно связаны с • Временно связаны с • Функционально связаны с • Концептуально связаны с Каждая запись семантического типа включает в себя уникальный идентификатор, номер дерева, указывающий его положение в иерархии «isa», определение и его непосредственный родитель и потомки. Каждая запись семантических отношений включает в себя уникальный идентификатор, номер дерева, определение и набор семантических типов, которые могут быть связаны этим отношением.

Рисунок 2. Пример иерархии семантических отношений

Рисунок 2 иллюстрирует иерархию для семантических отношений. Взаимоотношение «влияет», одно из нескольких функциональных отношений, имеет шесть дочерних отношений, включая «управляет», «лечит» и «предотвращает» Отношения устанавливаются между семантическими типами высокого уровня в Семантической сети, когда это возможно, и, как правило, наследуются через ссылку «isa» всеми дочерними типами. Так, например, соотношение «процесс» («process of») установлено между семантическими типами «Биологическая функция» («Biologic Function») и «Организм» («Organism»). Таким образом, он также имеет место между «Функцией органа или ткани» («Organ or Tissue Function»), которая является «физиологической функцией» («Physiologic Function»), которая, в свою очередь, является «биологической функцией» («Biologic Function») и «животным» («Animal»), который является «организмом» («Organism»). Отношения устанавливаются между семантическими типами и необязательно применяются ко всем экземплярам понятий, которые были присвоены этим семантическим типам. То есть отношение может быть или не быть между какой-либо конкретной парой понятий.

Рисунок 3. Пример иерархии семантических типов и отношений

На рисунке 3 показана часть семантической сети, иллюстрирующая связи, иерархические или ассоциативные, которые существуют между семантическими типами. На рисунке 4 и 5 приведён пример отображения семантической сети на сайте https://uts.nlm.nih.gov//semanticnetwork.html

Рисунок 4. Пример отображения семантического типа на сайте UMLS

Рисунок 5. Пример отображения семантического отношения на сайте UMLS